A Puma Punku építésének módja és technológiája továbbra is viták tárgyát képezi. Egyes elméletek szerint az építkezéshez olyan eszközöket használhattak, amelyek jóval megelőzték korukat, mások pedig úgy vélik, hogy mestereik egyszerű, de hatékony mechanikai elveket alkalmaztak a hatalmas kőtömbök mozgatásához.
